Фамилия Зинакова образована от имени, а не от прозвища или ремесла. В её основе лежит производная форма редкого мужского имени Зиновий, которая звучала как Зинак. Само имя Зиновий переводится с греческого как «рождённый богом» или «богоугодно живущий». Суффикс –ак– в данном случае указывает на украинские или белорусские корни фамилии: именно в этих регионах была распространена модель образования уменьшительных имён с таким окончанием.

Фактически форма Зинакова представляет собой отчество второго порядка: Зинакова — это сын Зинака и внук Зины. Иначе говоря, сначала человека звали просто Зина (сокращение от Зиновий), его сын стал Зинаком, а внук уже получил фамилию по деду. Скорее всего, основатель рода Зинаковых был человеком из простого сословия — такие «двухступенчатые» отчества чаще встречались у крестьян и мещан, а не у дворянства.

Существует и вторая, менее правдоподобная версия: в основе фамилии лежит производная форма женского имени Зинаида (от греческого «рождённая Зевсом», «принадлежащая Зевсу»). Однако эта гипотеза слабее, потому что фамилии на -ак от женских имён в русской и украинской традиции встречаются редко и обычно связаны с прозвищами, а не с прямым отчеством. К тому же мужское имя Зиновий даёт более естественную цепочку: Зиновий → Зина → Зинак → Зинаков.

Фамилия Зинакова сравнительно редкая. Её географическое распространение тяготеет к юго-западным областям бывшей Российской империи — современной Украине и Беларуси, где суффикс -ак в фамилиях встречается чаще, чем в центральной России. Если искать однокоренные фамилии, то это Зиновьев (от полной формы имени) и Зинченко (украинский вариант с другим суффиксом).