Фамилия Зинёков — наглядный пример того, как суффикс может рассказать о происхождении больше, чем корень. Основа здесь — Зинёк, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Зинька» или «из семьи Зинька». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или уменьшительных форм имён, и относится к «великорусскому» типу, распространённому в центральных и северных областях России.

Корень Зин- восходит к имени Зиновий (от греческого «Зенобиос» — «жизнь, данная Зевсом»). В народной речи это имя сокращали до Зиня, а затем, с помощью уменьшительного суффикса -ёк, получалось Зинёк — так могли ласково называть младшего члена семьи или просто человека с мягким характером. Впрочем, не исключено и прозвищное происхождение: в некоторых говорах «зинька» — это синица, а прозвища по птицам были часты (сравните Соколов, Воробьёв). Если предок был шустрым, неугомонным или имел какое-то отношение к птицам (например, охотился на них), он мог получить прозвище Зинёк, которое и закрепилось в фамилии.

С географической точки зрения фамилия Зинёков тяготеет к южнорусским и поволжским регионам. Встречается в архивных записях по Воронежской, Тамбовской и Саратовской губерниям, где в XIX веке числились крестьяне и мещане с этой фамилией. Это указывает на то, что предки были, скорее всего, государственными или помещичьими крестьянами, а не дворянами: фамилии на -ов с уменьшительной основой редко встречаются среди знати.

Спорная версия — связь с тюркским корнем «зин» (оружие, лук) или «зен» (женщина), но она маловероятна: фамилия Зинёков не имеет характерных для тюркских языков суффиксов и не фиксируется в татарских или башкирских родословных. Правдоподобнее всего — славянское имя Зиновий в бытовой форме.

Таким образом, носитель фамилии Зинёков может считать своим предком человека по имени Зиновий, которого в деревне звали Зиньком, или же прозвище, данное за сходство с синицей или за живость. Суффикс -ов окончательно закрепил фамилию в русской ономастике, сделав её наследственной.