Фамилия Зинченко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках вытеснила более ранние патронимы на -ович. Суффикс -енко означает «маленький» или «сын», поэтому Зинченко буквально понималось как «сын Зини» или «потомок Зинка». В основе лежит просторечная форма крестильного имени Зиновий — Зиня или Зинка. Само имя Зиновий происходит от древнегреческого Зенобиос, где «Зевс» соединяется с «биос» (жизнь), то есть «жизнь Зевса» или «богоугодно живущий». Реже основой могло стать имя Зинаида («божественная»), но для мужской фамилии это менее вероятно.

Фамилия закрепилась в среде украинского казачества и крестьянства, а затем распространилась по всей территории Российской империи. Документы Книги памяти фиксируют Василия Никитича Зинченко 1898 года рождения из Полтавской области — региона, где фамилия особенно частотна. Другие записи указывают на Василия Павловича Зинченко 1919 года из Омской губернии и Василия Никитовича Зинченко 1898 года из Карагандинской области — следы переселенческих потоков конца XIX — начала XX века.

Среди известных носителей — Фёдор Матвеевич Зинченко (1902–1991), командир 756-го стрелкового полка, чьи бойцы 30 апреля 1945 года штурмовали рейхстаг, а 1 мая водрузили над ним Знамя Победы. В науке фамилию прославил Владимир Петрович Зинченко (род. 1931) — российский психолог, один из основателей отечественной инженерной психологии.