Фамилия Зинин — одна из тех, что образована от женского имени, а не от мужского. В основе лежит краткая форма имени Зинаида — Зина. Само имя Зинаида восходит к греческому Зенодота («дар Зевса»), а в русскую традицию пришло через христианство, где его связывают с мужским именем Зиновий. Однако фамилия Зинин прямо указывает на мать или жену по имени Зина: в старину так называли детей, которых записывали по матери («Зинин сын»). Эта модель с суффиксом -ин типична для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я.

Самый известный носитель фамилии — Николай Николаевич Зинин (1812–1880), выдающийся химик-органик, академик Петербургской АН и первый президент Русского физико-химического общества. Его научные работы заложили основы органического синтеза в России.

Фамилия нередкая, встречается в центральных и северных областях России. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от мужских имён, Зинин стоит в ряду таких же «женских» фамилий, как Танин, Катин, Ольгин. Это не делает её менее древней — просто в основе лежит не имя отца, а имя матери, что могло быть связано с ранней потерей кормильца или особым положением женщины в семье.