Фамилия Зинина — одна из тех, что образованы не от мужского, а от женского имени. В её основе лежит имя Зинаида, а точнее — его краткая, домашняя форма Зина. Само имя Зинаида восходит к мужскому христианскому имени Зиновий, но при образовании фамилии сработала именно женская цепочка: от Зины к Зининой. Модель простая: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Зинина буквально означает «дочь (или жена) Зины». Такое патроним (отчество) закрепилось за женщиной, а затем, по русской традиции, передалось детям уже как фамилия — в неизменной форме.

Интересно, что фамилия Зинина — редкий случай, когда в основе лежит женское имя, а не мужское. Обычно фамилии на -ин образуют от мужских имён и прозвищ (Петров, Иванов, Кузьмин). Здесь же первым носителем, скорее всего, была женщина по имени Зина, либо глава семьи был известен как «Зинин муж» или «Зинин сын». В любом случае, географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, где суффикс -ин особенно распространён.

Не стоит путать фамилию Зинина с более частой Зинин — разница только в окончании, но модель образования та же. Встречаются и однокоренные варианты: Зиновьев (от полной формы Зиновий), Зинкин, Зинухин. Однако Зинина стоит особняком, напоминая, что в русской ономастике женщина могла дать фамилию роду не реже мужчины.