Фамилия Значенко образована от прозвища или имени Знак. В основе лежит украинское слово «знак» — в старину так могли назвать человека с особой приметой, родинкой, шрамом или необычной чертой характера, которая выделяла его среди других. Суффикс -енко типичен для восточноукраинской модели фамилий: он указывает на «сына» или «потомка» человека с таким прозвищем. То есть Значенко буквально означает «сын Знака».

В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, модель на -енко в XVII–XVIII веках была характерна для казацких и крестьянских родов Левобережной Украины, Слобожанщины и южных уездов России. Значенко — фамилия недворянская, её носители, скорее всего, относились к свободным или зависимым крестьянам, ремесленникам, казакам. Географически она чаще встречается в Черниговской, Полтавской и Харьковской областях, а также в соседних регионах России, куда переселялись украинцы.

Есть и другая, менее очевидная версия: прозвище Знак могли дать грамотному человеку, который ставил подпись (знак) вместо неграмотных односельчан. В эпоху, когда большинство населения было безграмотным, умение написать своё имя или поставить родовой знак ценилось высоко. Так Знак мог стать деревенским писарем или старостой, а его дети — Значенками.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Знаков, Знаковский, Значко — показывает, что основа одна, а суффиксы различают регионы и социальные слои. Значенко — самая «украинская» форма, гибкая и живая, без приставок и окончаний, характерных для польской или великорусской традиции. Фамилия не редкая, но и не массовая: она сохраняет связь с конкретным прозвищем, а не с абстрактным признаком.