Фамилия Знаенко — характерный пример украинской фамилии, образованной с помощью суффикса -енко, что в переводе означает «маленький» или «сын». В XVI–XVII веках этот суффиск стал главным маркером украинской фамильной системы, вытеснив многие другие модели. Знаенко — буквально «сын Знайка» или «потомок Знающего». Основа здесь — прозвище Знай, Знайко, которое давали человеку осведомлённому, знающему, возможно, грамотею или колдуну. В народной среде знайкой называли и всезнайку, и ведуна, и просто смышлёного человека.

Слово «знать» в древнерусском языке имело широкий спектр значений: от «ведать, уметь» до «обладать тайным знанием». Поэтому прозвище Знай могло относиться и к знахарю, и к писарю, и к толковому хозяину. В украинских говорах «знайко» — это и умник, и тот, кто много о себе мнит. Фамилия Знаенко закрепилась на Левобережной Украине, в Черниговской и Полтавской губерниях, где суффикс -енко был особенно распространён среди казачества и мещан. В реестрах Войска Запорожского встречаются аналогичные прозвища — Знайда, Знайко.

Есть и более редкая версия: связь с личным именем Зиновий (в просторечии Зиня, Зина). При переосмыслении «Зиненко» могло превратиться в «Знаенко» из-за аканья или диалектного произношения. Однако это менее вероятно: фамилий на -енко от имени Зиновий почти не сохранилось, а прозвищная основа «Знай» встречается в украинской антропонимии устойчиво.

Интересно, что фамилия Знаенко не имеет патронимического варианта на -ов или -ин, который был бы типичен для великорусских земель. Это сразу указывает на южнорусское или украинское происхождение рода. В XIX веке носители фамилии чаще всего были государственными крестьянами или казаками, реже — мещанами. Дворянских родов Знаенко не зафиксировано, что тоже говорит о простонародных корнях.

В современной России фамилия редкая, встречается в основном в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, куда активно переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. В Украине она распространена в центральных и восточных областях, но нигде не входит в число частых.