Фамилия Зубалиев — редкий случай, когда основа, скорее всего, тюркская, а суффикс — русский, что указывает на довольно позднее оформление фамилии уже в русской среде или в среде, перешедшей на русское делопроизводство. Суффикс «-ев» (фонетический вариант «-ов» после мягких и шипящих) типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен на -ь, -й. В данном случае он присоединен к основе «Зубали».

Корень «Зубали» почти наверняка восходит к тюркскому имени или прозвищу. Самая прямая версия — от тюркского слова «зуб» (в тюркских языках «зуб» — это «диш», но в диалектах и заимствованиях возможны варианты) или, что более вероятно, от арабского имени Зубайр (Zubayr), которое через тюркское посредничество (Зубаир, Зубайр) могло дать форму «Зубали». Имя Зубайр означает «сильный», «крепкий», «мужественный». В таком случае фамилия Зубалиев — это русифицированный вариант патронима (сын Зубали), где исходное имя было переосмыслено на русской почве.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем от слова «зуб» в значении «острый, задиристый человек». Однако для фамилий с тюркским звучанием это нетипично: русские прозвища на «зуб» обычно давали фамилии Зубов, Зубарев, Зубков. Форма «Зубали» с окончанием «-ли» подозрительно напоминает тюркский аффикс обладания («имеющий зуб»), что усиливает версию о тюркском происхождении основы, а не о прямом русском прозвище.

Географически фамилия Зубалиев встречается в основном на Северном Кавказе (особенно в Дагестане, Чечне, Ингушетии) и среди народов Поволжья (татары, башкиры). Это подтверждает тюркскую или кавказскую (где тюркские имена также распространены) природу корня. В русских исторических документах фамилия не фиксируется — это прямое указание на её позднее возникновение у народов, получивших фамилии в XIX—XX веках.

Таким образом, носитель фамилии Зубалиев, скорее всего, потомок человека по имени Зубали (вариант арабского Зубайр), жившего в тюркской или кавказской среде. Фамилия образована по русской модели, что говорит о культурном и административном влиянии России в регионе в период оформления фамилий.