Фамилия Зубаткин образована от прозвища Зубатка. В отличие от более распространённых «зубастых» фамилий (Зубов, Зубарев), здесь работает редкий суффикс -к(а), который в русских прозвищах часто указывал на предмет или животное с характерным признаком. Зубатка — это не только рыба с крупными зубами, но и диалектное название зубастого человека, того, кто любит огрызаться, спорить или кусаться. В говорах слово «зубатка» могло относиться и к драчливому ребёнку, и к сварливой женщине, и к цепкой собаке.

По модели образования фамилия типична для восточнославянской традиции: суффикс -ин присоединялся к основе на -а, указывая на принадлежность («чей?» — Зубаткин сын, то есть сын Зубатки). Аналогично строились фамилии Коткин (от Котка), Рыбкин (от Рыбка), Морковкин. Географически фамилия Зубаткин тяготеет к северо-востоку России: в переписях XVII–XVIII веков она встречается в Вятской, Пермской и Вологодской губерниях, где рыба зубатка водилась в северных реках, а прозвища по рыбам давали охотно.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от имени Зубатка как уменьшительной формы от Зубат (в крестьянской среде так могли назвать младенца с прорезавшимися зубами). Но в ономастике закрепилось мнение, что большинство фамилий на -аткин восходят именно к прозвищам, а не к каноническим именам. Сравните с фамилиями Лопаткин, Губаткин — все они описывают внешность или поведение, а не святцы.

Сословного барьера у фамилии не было: Зубаткины встречались и среди государственных крестьян, и среди однодворцев юга России. В XIX веке фамилия не стала дворянской и не попала в родословные книги, но её носители оставили след в местной истории — например, в списках старообрядческих общин Ветлуги. Сегодня Зубаткиных больше всего в Кировской и Нижегородской областях, что совпадает с историческими путями расселения.