Фамилия Зубатов напрямую связана с прозвищем Зубатый. В основе лежит прилагательное «зубатый» — так на Руси называли человека с крупными, крепкими или редкими зубами. Однако прозвище могло иметь и переносный смысл: «зубастым» называли острого на язык, язвительного или въедливого человека, который не давал себя в обиду. В народной культуре зубы часто символизировали жизненную силу, агрессию или способность «перегрызться» с любым противником — поэтому такое прозвище мог получить и боевой, неуступчивый характер.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе «Зубат-» добавили типичный русский суффикс -ов, означающий «сын» или «потомок» (Зубатов буквально — «сын Зубатого»). Это одна из самых распространённых моделей в русской ономастике, характерная в основном для великорусских территорий.

Интересно, что фамилия Зубатов встречается чаще в центральных и северных губерниях России — в Ярославской, Костромской, Вологодской, а также на Урале. Это косвенно указывает на то, что прозвище Зубатый бытовало именно в этих регионах. В южнорусских и украинских землях аналогичная фамилия чаще принимала форму Зубатый (без суффикса -ов) или Зубенко.

Стоит отметить, что фамилия Зубатов не имеет отношения к профессиональной деятельности предков — в отличие, скажем, от фамилий типа Кузнецов или Плотников. Её происхождение целиком прозвищное, и главную роль здесь сыграла внешняя примета или особенность поведения. Если верить словарям русских фамилий (например, работам Б. Унбегауна), такие «анатомические» прозвища были одними из самых древних и устойчивых в крестьянской среде, где человека часто называли по самой заметной черте.

Встречается и вариант написания Зубатов с ударением на второй слог (Зубáтов), хотя в большинстве говоров ударение падает на первый (Зýбатов). Оба варианта считаются литературными.