Фамилия Зудилкина — женская форма мужской фамилии Зудилкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Зудилка, которое, скорее всего, относилось к человеку с беспокойным, непоседливым характером. Глагол «зудеть» в русских говорах имел не только прямое значение (чесаться), но и переносное — «докучать, надоедать, приставать с разговорами». Соответственно, Зудилкой могли прозвать или слишком активного ребёнка, который не сидел на месте, или взрослого, который постоянно что-то требовал, жаловался, «нудел». В некоторых диалектах «зудило» означало ещё и сварливого, брюзгливого человека.

Образование фамилии типично для северных и центральных областей России: суффикс -к(а) в прозвище указывал на лицо по действию (ср. «говорилка», «кричалка»), а затем через суффикс притяжательности -ин фамилия закрепилась за потомками: «чей?» — Зудилкин, то есть сын или дочь Зудилки.

Интересная деталь: фамилия Зудилкин — редкая. В отличие от массовых Зудовых или Зуевых, она не попала в стандартные списки дворянских или купеческих родов. Это говорит о её крестьянском, возможно, даже однодворческом происхождении. Носители фамилии чаще всего встречаются в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись государственные крестьяне из центральных уездов. Там прозвища, данные по характеру, особенно хорошо сохранялись в быту и переходили в фамилии.

Встречается вариант с ударением на второй слог — Зуди́лкина, что характерно для некоторых вологодских и вятских говоров, где «у» произносили более протяжно. В современном русском литературном языке ударение чаще ставят на первый слог: Зу́дилкина.