Фамилия Зудилина образована от прозвища Зудило. В его основе — нарицательное «зуда», то есть человек, который постоянно жалуется, ворчит, пристаёт с мелочными просьбами, «чешется языком». Прозвище было точным и метким: в русских говорах «зудой» называли надоедливого, неугомонного человека. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Зудилина буквально значит «дочь (или жена) Зудилы». Мужской вариант фамилии — Зудилин.

Существует и другая, менее правдоподобная версия. Согласно ей, прозвище Зудило могло быть «охранительным», то есть давалось ребёнку с противоположным значением — чтобы злые духи не позарились на дитя, названное таким некрасивым словом. Однако для фамилий, восходящих к бытовым прозвищам, подобные объяснения обычно натянуты: гораздо чаще прозвище отражало реальную черту характера или поведения первого носителя.

Словообразовательная модель здесь простая и распространённая: основа (Зудил-) плюс суффикс притяжательного прилагательного (-ин). Такие фамилии в основном встречались в северных и центральных областях России, где -ин был продуктивнее, чем -ов. Сравните с однокоренными фамилиями — Зудов, Зудкин, Зудин. Все они, скорее всего, возникли независимо друг от друга в разных семьях, но корень один: тот самый «зуд» — не физический, а душевный, характерный.

Таким образом, предки современных Зудилиных — это люди, которых в своём окружении прозвали Зудилой за привычку ныть, капризничать или донимать окружающих. Со временем прозвище закрепилось за их детьми и внуками как фамилия.