Фамилия Зулхарнаев — редкий случай, когда исходное имя пришло в русскую среду не из тюркского или арабского мира, а из персидского через исламскую традицию. Её основа — Зулхарнай, арабская передача имени Зу-ль-Карнайн («обладатель двух рогов»). В Коране так называют легендарного царя, которого отождествляют с Александром Македонским или древним ближневосточным правителем. Прозвище «двурогий» могло означать власть над Востоком и Западом (два «рога» солнца) или символический шлем с рогами.

Тюркский суффикс -ев указывает на то, что фамилию зафиксировали в русской канцелярии по модели «чей?» — сын Зулхарная. Это типичная для XIX–XX веков русификация мусульманских имён: к основе добавили русский патронимический суффикс, заменив тюркские окончания вроде -оглы или -улы.

Интересна география. Фамилия почти не встречается в Поволжье и на Северном Кавказе, где распространены похожие арабские имена (Зулькарнай, Зулькарнаин). Основной ареал — Южный Урал и Западная Сибирь, особенно среди башкир и татар-мишарей. Возможно, носители фамилии — потомки тех, кто принял ислам через суфийские ордена, где образ Зу-ль-Карнайна почитали как символ духовной силы.

В отличие от фамилий на -ин, где основа могла быть прозвищем или названием профессии, Зулхарнаев — чисто именная фамилия. Она не говорит о ремесле или внешности предка, а только о том, что его отца или деда звали Зулхарнаем. В метрических книгах XIX века такое имя давали мальчикам в семьях мулл или зажиточных крестьян, желавших подчеркнуть связь с коранической историей. Сегодня фамилия остаётся редкой, и её носители чаще всего живут в Башкортостане, Челябинской и Оренбургской областях.