Фамилия Зулкорнеев — редкий случай, когда русская фамильная модель наложилась на арабское или тюркское имя, причём с необычной адаптацией корня. В ней сразу бросается в глаза элемент «Зул-», который в арабском языке означает «обладатель» (как в именах Зульфикар, Зулькарнайн). Основа «Корне» — это, скорее всего, искажённое «Карнайн» или «Корнай», то есть «два рога». Полное имя Зулькарнайн (араб. ذو القرنين) переводится как «Двурогий» — так в Коране называют легендарного правителя, которого часто отождествляют с Александром Македонским. В тюркской среде, особенно у татар и башкир, это имя бытовало в формах Зулкарнай, Зулкарней, а в просторечии могло редуцироваться до Зулкорней.

Русский суффикс -ев указывает на то, что фамилию дали по отцу: «чей сын?» — Зулкорнеев, то есть потомок Зулкорнея. Интересно, что в отличие от большинства фамилий на -ов/-ев, которые образуются от полных церковных или славянских имён, здесь мы видим прямую передачу мусульманского имени без промежуточной русификации. Это говорит о том, что носитель фамилии или его предок был крещён (или перешёл в православие) достаточно поздно, либо фамилия фиксировалась в среде, где русское делопроизводство записывало имя как есть — без переделки в привычное «Зулкарнайнов» или «Зулкарнаев».

Вероятнее всего, фамилия имеет татарское или башкирское происхождение и встречается в Поволжье, Приуралье или среди сибирских татар. Могла возникнуть в среде служилых татар, которые после присоединения Казанского ханства принимали православие и получали фамилии по отцу. Второй, менее вероятный вариант — что «Корне» не имеет отношения к «рогам», а является искажением тюркского слова «корней» (керней) — «труба» или «горн». Тогда Зулкорнеев мог означать «обладатель трубы» — прозвище музыканта или глашатая. Но первая версия (через имя Зулькарнайн) более убедительна, так как имя это широко известно, а прозвище «трубач» в такой форме почти не встречается.

Фамилия исключительно редкая. В современных базах данных и телефонных справочниках она почти не фиксируется, что делает её, скорее всего, исчезающей или локализованной в одном-двух родах. По сословной принадлежности предки могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми, но более точных данных нет — фамилия уж слишком нечастая, чтобы составлять статистику.