Фамилия Зулькорнеев — редкий случай в русском ономастиконе, где арабский корень встретился с русским патронимическим суффиксом. Основа фамилии восходит к мусульманскому имени Зулькарнайн (араб. ذو القرنين — «обладатель двух рогов»). В исламской традиции так называют легендарного правителя и праведника, которого часто отождествляют с Александром Македонским или древним царем Йемена. Имя означает человека, власть которого простирается «от края до края земли» — два рога символизировали восток и запад.

Суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких согласных) указывает на принадлежность: Зулькорнеев буквально значит «сын Зулькорнея». Это типичная для русских фамилий модель, которая закрепилась в XIX веке, когда татары, башкиры и другие тюрко-мусульманские народы Российской империи массово получали фамилии по отцу. Фонетическая запись адаптировала имя: сложный арабский «Зулькарнайн» упростился в устной речи до «Зулькорней» — так, как слышали чиновники или как произносили сами носители в тюркской среде.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием татар и башкир — Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, Челябинская область. Встречается и среди кавказских народов, например у кумыков, где арабские имена также широко распространены. Социальный состав предков — по всей видимости, крестьяне или сельские жители, так как фамилии на -ев у тюркских народов обычно фиксировали именно в податных сословиях, а не в дворянских родах.

Интересная деталь: ударение в фамилии чаще падает на последний слог — Зулькорне́ев, что свойственно тюркской интонации, хотя в русском языке более привычным было бы ударение на «о» (Зулько́рнеев). Этот фонетический нюанс выдает «двуязычное» происхождение фамилии: арабское имя, произнесенное с тюркской интонацией, записанное русским чиновником.

В отличие от многих фамилий с мусульманскими корнями, Зулькорнеев не имеет варианта с суффиксом -ов (Зулькорнеев, а не Зулькорнеев), что говорит о том, что основа заканчивалась на мягкий согласный в местном произношении. Родственными по корню можно считать фамилии Зулькарнаев, Зулькарнеев — они образованы от того же имени, но с разной степенью фонетической адаптации.