Фамилия Зуйковская — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс -ск-, типичный для польской, белорусской и украинской традиции. В великорусской среде такие фамилии чаще всего получали дворяне (по названию поместья) или выходцы из духовенства, где «-ский» был почти стандартом при образовании фамилий от названий сел и храмов. Однако конкретно Зуйковская могла возникнуть и без всякого благородного подтекста — просто как указание на место, откуда человек родом.

Основа фамилии — топоним Зуйково или Зуйковка. Такие названия встречаются в разных регионах бывшей Российской империи: есть Зуйково в Беларуси (Витебская область), есть в России (например, в Пермском крае или в Крыму). Все они восходят к прозвищу или некалендарному имени Зуй. В русских говорах зуй — это кулик, мелкая болотная птица. Прозвище Зуй могли дать человеку маленького роста, вертлявому или крикливому — по поведению птицы. В. И. Даль фиксирует и другое значение: зуй — «бойкий, пронырливый человек», иногда с оттенком «плутоватый». Таким образом, Зуйковский — это буквально «выходец из поселения Зуйковых», а те, в свою очередь, потомки человека по прозвищу Зуй.

Интересно, что фамилия Зуйковская — женская форма (в русской традиции она склоняется как прилагательное), а мужской вариант — Зуйковский. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, предки носителей были крестьянами или мещанами из одного-двух сёл, а не разветвлённым дворянским родом. В ревизских сказках XIX века Зуйковские изредка попадаются среди однодворцев южных губерний — потомков служилых людей, которые селились на окраинах и получали землю, а фамилию брали по месту жительства.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Зуев, Зуйков, Зуй, — то Зуйковская выделяется именно «географическим» суффиксом. Зуев происходит напрямую от имени-прозвища (чей? — Зуев), а Зуйковская отвечает на вопрос «откуда?». Это важное различие: первая указывает на родство с конкретным человеком, вторая — на связь с местностью. Поэтому, скорее всего, основатель рода Зуйковских не был сам Зуем, а жил в деревне, основанной Зуем или его потомками.