Фамилия Зверобой — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений, сохранив свою первоначальную выразительность. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, она представляет собой чистую основу, слово в именительном падеже. Такая модель образования характерна для прозвищ, которые давали по характерной черте, занятию или поведению человека, и закрепилась она в основном в среде казачества и на Русском Севере.

Прямое значение прозвища — «тот, кто бьёт зверя», то есть охотник. В условиях промысловой охоты на медведя, лося или пушного зверя меткое прозвище Зверобой говорило о главном занятии человека, его удачливости и силе. Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию не с человеком, а с растением: зверобой в народной медицине считался травой от сорока недугов. Прозвище могли дать знахарю или травнику, который лечил людей и скот этим растением. Однако для фамилии версия с охотником выглядит убедительнее: прозвища по ремеслу встречаются чаще, чем по названию травы.

С географической точки зрения фамилия Зверобой встречается редко и не образует крупных гнёзд. Единичные носители зафиксированы в донских и кубанских станицах, а также в Сибири — в регионах, где охота долго оставалась основой выживания. Фамилия могла возникнуть независимо в разных местах: любой меткий стрелок или удачливый промысловик мог получить такое прозвище от односельчан.

В дореволюционных источниках фамилия почти не встречается — ни в боярских списках, ни в дворянских родословных. Это фамилия простонародная, крестьянская или казачья. В советское время она стала известна широкой публике благодаря роману «Зверобой» Фенимора Купера, но к русской фамилии это имя имеет лишь косвенное отношение: перевод названия книги совпал с уже существовавшим прозвищем. Носителей фамилии Зверобой сегодня крайне мало, и каждый случай — это, скорее всего, отдельная ветвь, не связанная общим предком.