Фамилия Зыненко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс — самый частый: он указывал на потомка человека, то есть Зыненко буквально означает «сын Зыны» или «потомок Зыны». В этом плане фамилия стоит в одном ряду с тысячами других на -енко (Шевченко, Коваленко, Ткаченко), но отличается необычной и редкой основой.

Основа «Зына» — это не полное имя, а, скорее всего, сокращённая (гипокористическая) форма от крестильного имени Зиновий. В народной речи Зиновий превращался в Зину, Зыну, откуда и пошло уменьшительное Зыня или Зына. Церковное имя Зиновий греческого происхождения (Zinobios — «живущий богоугодно») было распространено в южнорусских и украинских землях, хоть и не входило в число самых популярных. Соответственно, Зына — это домашнее, бытовое имя, от которого и образовали фамилию.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая — прозвищное происхождение. В некоторых говорах «зыня» или «зынка» могло означать вялого, плаксивого человека или, наоборот, того, кто постоянно «зыкает» — издаёт резкий звук, кричит. Однако для фамилии Зыненко, с её чётким патронимическим суффиксом, версия от имени Зиновий выглядит основательнее: суффикс -енко почти всегда крепится к личному имени, а не к прозвищу.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Сумской. В России она встречается реже и обычно в тех регионах, куда переселялись украинцы в XVIII–XIX веках (Кубань, Слобожанщина, юг Воронежской области). В дореволюционных метрических книгах Зыненко могли записать и как Зиненко — через «и», что лишний раз подтверждает связь с именем Зиновий.

Таким образом, предок современных Зыненко — человек по имени Зына (Зиновий), живший, скорее всего, в XVII–XVIII веках на украинских землях. Никакого отношения к знатным родам или казачьей старшине фамилия не имеет: это массовая крестьянская и мещанская модель, характерная для Гетманщины и Слободской Украины.