Основой фамилии Зиненко послужило мирское имя Зина. Фамилия Зиненко произошла от уменьшительной формы имени Зинон – Зина (или Зиня). Суффикс –ЕНКО свидетельствует о восточно-украинском происхождении фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Зина, со временем получил фамилию Зиненко.