Фамилия Зиненко отчетливо указывает на восточноукраинское происхождение — об этом говорит характерный суффикс -енко, который в украинской ономастике выполнял роль отчества или указания на родственную связь: «чей-то сын» или «потомок». В основе фамилии лежит краткая форма имени Зинон — Зина или Зиня. Имя Зинон (от греческого «Зенон», что означает «божественный» или «посвященный Зевсу») в православных святцах встречалось, но никогда не было широко распространенным, поэтому его уменьшительные варианты часто становились самостоятельными мирскими именами, особенно в сельской среде.

Фамилия образована напрямую от формы Зина: суффикс -енко присоединялся к основе имени, обозначая «маленького Зину» или «наследника Зины». Со временем прозвище закрепилось за родом и перестало зависеть от реального имени предка — уже внуки и правнуки Зины носили фамилию Зиненко как родовую.

Редкость этой фамилии в сравнении, скажем, с Зинченко или Зиновьевым объясняется именно редкостью исходного имени Зинон. Встречаются Зиненко преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. Других правдоподобных версий происхождения — например, от прозвища Зина по роду занятий или внешности — нет: все указывает на антропонимическую основу, то есть на личное имя.