Фамилия Зырин образована от прозвища Зыря или Зырян. В основе лежит этноним «зыряне» — так в прошлом русские ошибочно называли народ коми, хотя сами коми себя так не именовали. Прозвище давали не обязательно выходцу из этого народа.

Первая версия: прозвище Зыря мог получить русский, внешне похожий на зырянина. Северные народы, включая коми, нередко отличаются узким разрезом глаз и смугловатой кожей — такие черты могли броситься в глаза и закрепиться в прозвище. Вторая версия: прозвище давали человеку, который долго прожил среди зырян, а потом вернулся в русскую деревню. Для односельчан он оставался «тем, кто жил у зырян», отсюда и Зыря.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Зырин — «сын Зыри» или «человек из семьи Зыри». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В ономастике это одна из самых распространённых схем, наряду с -ов/-ев.

Фамилия Зырин встречается в северных и уральских регионах — там, где исторически были контакты русских с коми-зырянами. Встречается и в центральной России, но реже. Её географическая привязка к зоне финно-угорского пограничья поддерживает обе версии происхождения прозвища.

У фамилии есть однокоренные варианты: Зырянов, Зырянкин, Зыринский. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами, что говорит о самостоятельном образовании в разных местностях. Зырин — одна из самых лаконичных форм, без дополнительных суффиксальных наращений.

Документальных подтверждений, что носители фамилии Зырин принадлежали к какому-то одному сословию, нет. Среди них могли быть и крестьяне, и купцы, и священники — фамилия не несёт сословной окраски.