Фамилия Абабилов — редкий пример, где форма на -ов образована от основы, явно не славянской по происхождению. В русских фамилиях суффикс -ов обычно крепится к полным или уменьшительным формам крестильных имён, прозвищ или названий профессий. Здесь же основа «Абабил» почти наверняка восходит к тюркскому или арабо-персидскому имени.

Наиболее вероятная версия: корень связан с именем Абабиль. В арабском языке «абабиль» (أَبَابِيل) означает «стаи птиц», в исламской традиции это слово встречается в Коране (сура «Слон») — стаи птиц, которые защитили Мекку от войска эфиопского правителя Абрахи. Мужское имя Абабиль, хоть и редкое, встречается в тюркоязычных и кавказских семьях, особенно у народов, исповедующих ислам. Фамилия Абабилов, таким образом, могла возникнуть как отчество от имени Абабиль: «сын Абабиля».

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркским словом «аба» (отец, старший родственник) и «бил» (знать, ведать). Абабил в таком случае могло быть прозвищем для мудрого или уважаемого старейшины. Однако эта гипотеза слабее, так как не объясняет конечное «-ил», характерное скорее для арабских заимствований.

Географически фамилия Абабилов встречается в основном на Северном Кавказе и в Закавказье, особенно среди азербайджанцев, дагестанских народов и чеченцев. В центральной России она редка. Сословно предки носителя фамилии могли быть крестьянами или горожанами, но не дворянами — фамилия не фиксируется в родословных книгах Российской империи.

Однокоренные фамилии — Абабиев, Абабишвили (грузинская форма), Абабиль. Все они указывают на общий корень, связанный с именем или прозвищем, а не с ремеслом или местностью.