Фамилия Абдрафикова образована от сложного тюркского имени Абдрафик. Её основа — составное имя, которое соединяет два корня. Первый, «Абд» (варианты: Абду, Абди), восходит к арабскому корню со значением «раб, слуга» (в религиозном контексте — «раб Божий»). Второй корень, «Рафик», — арабское слово, означающее «друг», «товарищ», «спутник», а также «добросердечный». Таким образом, имя Абдрафик можно истолковать как «слуга Добросердечного» или «раб Всеблагого», где «Добросердечный» — один из эпитетов Аллаха.

Эта фамилия — типичный пример патронима (фамилии по отцу), который закрепился в тюрко-татарской среде. Суффикс -ова указывает на принадлежность к роду: первоначально Абдрафиковы — это «дети (или потомки) Абдрафика». Процесс формирования таких фамилий у татар и башкир был длительным и в основном завершился к концу XIX — началу XX века, поэтому точное место и время возникновения конкретной ветви рода Абдрафиковых можно установить только через углублённые генеалогические изыскания.

С точки зрения словообразования, фамилия сохраняет полную форму имени-основы, что характерно для многих фамилий, образованных от сложных арабо-тюркских имён. В отличие от фамилий, где исходное имя со временем сокращалось или русифицировалось, здесь мы видим фиксацию полного варианта, что может указывать на сравнительно позднее оформление фамилии или на устойчивую письменную традицию в роду.