Фамилия Абдуганиева — наглядный случай, когда русская модель фамилии на -ов/-ев скрещивается с арабским по происхождению именем. В её основе лежит мужское имя Абдугани, которое складывается из двух частей: «абд» (раб, слуга) и «гани» (богатый, состоятельный). В исламской традиции «Абдул-Гани» означает «раб Аль-Гани» — одного из 99 имён Аллаха, которое переводят как «Богатый» или «Владеющий несметными богатствами». Полное значение имени — «раб Всемилостивого и Всебогатого».

Фамилию образовали по стандартной для русской ономастики схеме: к основе Абдугани- добавили суффикс -ев (после мягкого согласного «и»), а затем женское окончание -а. Строго говоря, Абдуганиева — форма женского рода. Мужской вариант — Абдуганиев. Такое окончание указывает на то, что фамилия закрепилась в русском документообороте в эпоху, когда все члены семьи (жёны, дочери) получали фамилию с суффиксом притяжательности: «дочь/жена Абдугания».

Географически фамилия почти наверняка уходит корнями в Среднюю Азию, прежде всего в Узбекистан и Таджикистан. Именно там составные имена с «абду-» (Абдулла, Абдурашид, Абдугани) были и остаются массовыми. В Россию фамилия попала вместе с миграционными волнами XX—XXI веков, поэтому её носители в России — это в основном потомки выходцев из этих регионов.

Редкая деталь, которая отличает эту фамилию от более частых аналогов: в ней сохранился «глухой» вариант корня «гани» (через «г»), тогда как в классическом арабском произношении чаще пишут «ганий» или «гани». А в русских метриках XIX века встречались варианты «Абдуганеев» и «Абдуганиев» с разной передачей мягкого звука. Фамилия Абдуганиева — не дворянская и не купеческая: её носители в массе своей происходили из крестьянской или ремесленной среды, а сама фамилия фиксировалась при переписях и паспортизации в советское время.