Фамилия Абольский — редкий случай, когда в основе лежит не географическое название, а личное имя, причём не славянское, а древнееврейское. Она образована от канонической формы Авель (библейский сын Адама, имя которого стало нарицательным для кроткого, безобидного человека). В русской народной традиции имя Авель часто переделывали: отбрасывали начальный звук и произносили как «Овель», а в некоторых говорах — «Аболь». От этой обиходной формы через суффикс принадлежности -ск- и возникла фамилия.

Суффикс -ский здесь указывает не на «владельца» (как -ов или -ин), а на отношение к лицу: Абольский буквально значит «относящийся к Аболю», то есть потомок или человек из семьи Аболь. Такая модель типична для фамилий, которые складывались в среде духовенства и шляхты, где ценилась книжная, «благородная» форма. Поэтому носитель фамилии Абольский — скорее всего, потомок священника, дьячка или мелкого служилого человека, которого в документах записали не по отцу (Абольев), а по «прозванию» в честь предка.

В польской ономастике встречается фамилия Abolski, которую иногда возводят к названию литовского местечка Abolai (от лит. obelis — «яблоня»). Однако для русского варианта Абольский такое объяснение менее вероятно: в русских писцовых книгах нет следов топонима с корнем «абол-». Скорее всего, это пример того, как одно и то же звучание в разных языках породило разные фамилии.

На письме фамилию могли путать с Обольский или Авельский, но это разные корни. Абольский — более редкая и архаичная форма, сохранившая живую народную переделку библейского имени. Встречается она преимущественно на северо-западе России и в Беларуси, что косвенно подтверждает её происхождение из среды православного духовенства, где любили «облагораживать» простые отчества суффиксом -ский.