Фамилия Абыкеева — женская форма фамилии Абыкеев. Её основа восходит к имени или прозвищу Абыкей, которое распространено в тюркоязычной среде. Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «абы» или «аба» — старший брат, уважаемый человек, наставник. В некоторых диалектах «абыкей» могло означать почтительное обращение к старшему родственнику или духовному лицу. Таким образом, фамилия указывает на родоначальника, которого окружающие называли Абыкеем — уважаемым, старшим.

Модель образования типична для фамилий тюркского происхождения, проникших в русскую ономастику: к основе добавляется русский патронимический суффикс -ев (фонетически закономерный после мягкого согласного). Окончание -а указывает на принадлежность женщине — носительнице фамилии. Интересно, что фамилия сохранила тюркскую огласовку без русификации: начальное «А» не перешло в «О», как часто бывало в обрусевших фамилиях (сравните с Абакумов — Обаконов).

Географически фамилия Абыкеева тяготеет к регионам с тюркским населением — Поволжье, Урал, Сибирь. Чаще всего её можно встретить у татар, башкир, казахов и киргизов. В документах XIX века такая фамилия могла закрепиться за крестьянами или мещанами, но без указания на сословие это лишь предположение. Споров о происхождении основы практически нет: версия с «абы» — старший брат — считается основной. Альтернативное толкование от арабского «аби» (отец) менее вероятно, так как в тюркских языках это слово дало бы форму Абикеев, а не Абыкеев.