Фамилия Афанасейкина — редкий пример того, как народная речь перекроила церковное имя до неузнаваемости. В основе лежит крестильное имя Афанасий (греч. «бессмертный»), но цепочка преобразований здесь длиннее, чем в привычных Афанасьев или Афанасов.

Сначала имя Афанасий в быту сократили до Афанасей — с мягким окончанием, характерным для южнорусских и украинских говоров. Затем к этой основе добавили уменьшительно-ласкательный суффикс -ейк-, который в русской ономастике встречается нечасто и обычно указывает на прозвище или семейное обращение: Афанасейка — «маленький Афанасий» или «сын Афанасия». Финальный суффикс -ин принадлежит к притяжательной модели: Афанасейкина буквально значит «жена Афанасейки» или «дочь Афанасейки». В женской форме фамилия закрепилась, если носительница — женщина; мужской вариант — Афанасейкин.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где аканье и смягчение согласных были нормой: Псковская, Смоленская, Брянская области, а также север Украины. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно встретить формы Афонасейкин или Офонасейкин — до реформы орфографии буква «ф» не всегда писалась, и имя нередко записывали через «хв» или «т».

Среди однокоренных фамилий Афанасейкина стоит особняком: Афанасьевых — тысячи, а эта форма сохранила живую уменьшительность, почти домашнее звучание. Вероятно, предок был не просто сыном Афанасия, а младшим в семье или получил прозвище от материнского обращения: «Афанасейка, иди обедать». Со временем прозвище стало родовым.

Дворянских корней у фамилии, скорее всего, нет: суффикс -ейк- в сочетании с -ин типичен для крестьянской и мещанской среды, где фамилии оформлялись поздно, уже в XIX веке, и нередко — по имени главы семьи в уменьшительной форме.