Фамилия Афанасиди — один из самых узнаваемых примеров греческой модели на -иди, характерной для понтийских греков и греков Приазовья. Корень здесь прозрачен: крестильное имя Афанасий, от греческого афанатос — «бессмертный». Но главное — не основа, а суффикс. В греческой ономастике -иди (или -ди) означает «сын» или «потомок». То есть Афанасиди буквально — «сын Афанасия». В русском языке такие фамилии не склоняются по падежам, и это сразу выдает их иноязычное происхождение.

Самая вероятная версия появления Афанасиди в России — переселение греков из Османской империи в Крым и Приазовье в XVIII–XIX веках. После русско-турецких войн Екатерина II приглашала греков, особенно понтийских, на пустующие земли Новороссии. Они основывали города (Мариуполь, Таганрог) и села, где фамилии на -иди стали массовыми. Афанасиди — типичный представитель этого пласта. Фамилия не дворянская и не крестьянская в русском понимании, а скорее городская или мещанская: её носили греческие торговцы, рыбаки и ремесленники.

В самой Греции фамилии на -иди встречаются реже, чем на -пулос или -оглу, но у понтийских греков они преобладают. Встречаются варианты написания: Афанасиди, Афанасидис (с конечной сигмой в именительном падеже греческого языка), а также Афанасидис в паспортах репатриантов. В русском контексте укоренилась форма без «с» на конце — так удобнее для произношения.

Если сравнивать с русскими фамилиями, то Афанасиди — аналог Афанасьева, но с другим механизмом образования. Русская фамилия использует притяжательный суффикс -ев (отвечает на вопрос «чей?»), а греческая — патронимический -иди («сын кого?»). Спорных версий у этой фамилии нет: корень прозрачен, суффикс однозначен, а география бытования подтверждается историей греческой диаспоры на юге России.