Фамилия Афанасиенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках закрепилась на землях современной Украины как основной способ обозначения потомка по отцу. Суффикс -енко буквально означает «маленький» или «сын», поэтому Афанасиенко — это «сын Афанасия». Такая форма была настолько продуктивной, что со временем перестала восприниматься как уменьшительная и превратилась в наследственную фамилию, передающуюся из поколения в поколение.

В основе фамилии лежит крестильное имя Афанасий, которое пришло на Русь из греческого языка. Греческое «Атанасиос» происходит от слова «атанасия» — «бессмертие». Это имя давали в честь святого Афанасия Великого, одного из отцов церкви, и оно было широко распространено среди всех сословий, включая крестьян и казаков. В просторечии имя часто произносили как «Афанисий» — отсюда и вариант написания через «и» в корне, который встречается в старых документах.

Интересная деталь: в украинской ономастике существует несколько однокоренных фамилий — Афанасьев, Афанасенко, Афанасьенко, Опанасенко. Форма Афанасиенко отличается тем, что сохраняет полную основу имени с гласным «и» перед суффиксом, что встречается реже, чем усечённые варианты. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в семьях, где имя произносили с особым ударением или в церковной, а не бытовой форме.

Географически фамилия Афанасиенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкасщине, где суффикс -енко в XVII–XVIII веках стал доминирующим. В Российскую империю такие фамилии массово попали вместе с переселенцами после ликвидации Запорожской Сечи и в ходе аграрных реформ, поэтому сегодня носители фамилии встречаются и в южных регионах России, и в Сибири.