Фамилия Афанасенко — классический пример восточнославянской фамилии, образованной от имени. В её основе лежит крестильное имя Афанасий, которое в бытовой речи на Украине и в южных областях России часто произносили и писали как «Афанас» — без конечного «-ий». Суффикс «-енко» в данном случае указывает на происхождение: это буквально «сын Афанаса» или «потомок Афанасия».

Модель на «-енко» — главный маркер украинской ономастики. Такие фамилии массово закрепились в XVI—XVII веках на территории современной Украины, особенно на Левобережье, в Полтавской и Черниговской губерниях. Оттуда они распространились на Кубань, Дон и далее по России. Афанасенко — одна из сотен фамилий этого типа, но её отличает то, что основа «Афанас» не является усечением — это исторически верная народная форма имени. В церковных метриках могли писать «Афанасиев», а в быту — «Афанасов», но вариант с «-енко» победил именно в тех слоях населения, где фамилии фиксировали по отчеству: «чей будешь?» — «Афанасенко».

С точки зрения географии, фамилия нередко встречается в Воронежской и Ростовской областях России, а также в Харьковской и Сумской областях Украины. Это зона активного смешения украинского и великорусского населения, где фамилии на «-енко» чувствуют себя естественно.

Обратите внимание на написание: вы указали «Афанаснко» — вероятно, это опечатка или редкий вариант с выпадением гласной. Правильная форма — Афанасенко (с буквой «е» после «с»). Если в документе закрепился именно такой вариант, это может быть следствием ошибки писаря при переписи или диалектного произношения, где безударное «е» редуцировалось почти до нуля звука. В любом случае, этимологически фамилия восходит к тому же корню.

Сословно носители фамилии — в основном казаки или крестьяне. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано, что типично для «-енко»: в Речи Посполитой и в Российской империи такие фамилии оставались признаком простого происхождения, пока не попадали в списки заслуженных чиновников.