Фамилия Агартанов — редкая и прозрачная, если знать ключ. Её основа — не личное имя и не прозвище, а географическое название, причём искажённое. До 1920-х годов в Забайкалье существовала железнодорожная станция Агартала (сейчас это станция Ага, Забайкальский край). Именно от неё, через усечённую форму Агарта, и образована фамилия.

Модель образования здесь — топонимическая, с суффиксом -анов. Это вариант стандартного -ов, который появляется, если основа оканчивается на -а: Агарта + анов. Такие фамилии часто давали в духовных семинариях или при приписке к казачьим войскам. Семинарист или казак, чьё место рождения или службы было связано со станцией Агарта, получал фамилию по месту — точно так же, как появлялись Казанцевы, Уфимцевы или Тобольские.

Версия о тюркском корне «агар» (белый, светлый) или о личном имени Агартан выглядит слабой. В тюркских языках суффикс -анов нехарактерен, а само имя в доступных источниках не встречается. Куда правдоподобнее, что предок носителя фамилии — либо выпускник семинарии из Забайкалья, либо служилый человек, приписанный к местному казачьему войску. Фамилия остаётся очень редкой и сегодня встречается в основном в Сибири и на Дальнем Востоке, что прямо подтверждает её локальное, забайкальское происхождение.