Фамилия Агартанов — редкий случай, когда основа не бросается в глаза, но при ближайшем рассмотрении оказывается совершенно прозрачной. Перед нами типичная «искусственная» фамилия, образованная от топонима, то есть от географического названия. Корень здесь — Агарта, и это не что иное, как искажённое Агартала — так до 1920-х годов называлась железнодорожная станция в Забайкалье (сейчас это станция Ага, в Забайкальском крае). Суффикс -анов — вариант более распространённого -ов, появившийся из-за того, что основа оканчивалась на -а: Агарта + анов. Такая модель типична для фамилий, которые давали в духовных училищах и семинариях, а также при приписке к казачьим войскам. Студент или казак, чьё место рождения или службы было связано со станцией Агарта, получал фамилию Агартанов — по месту, как сотни других «географических» фамилий (например, Казанцев, Уфимцев, Тобольский). Альтернативная версия, что в основе лежит тюркское слово «агар» (белый, светлый) или личное имя Агартан, маловероятна: в тюркских языках суффикс -анов нехарактерен, а имя не фиксируется в доступных источниках. Таким образом, предок носителя фамилии Агартанов, скорее всего, был либо выпускником духовной семинарии, получившим фамилию по месту рождения, либо служилым человеком из Забайкалья. Фамилия очень редкая, встречается преимущественно в Сибири и на Дальнем Востоке, что подтверждает её локальное происхождение.