Фамилия Акелин — одна из тех, что образованы от крестильного имени, но с небольшим фонетическим сдвигом. В основе лежит имя Акела — просторечный, обиходный вариант канонического имени Акила. В переводе с латинского aquila означает «орёл», «орлиный». Имя было хорошо известно на Руси благодаря святцам: его носил апостол от семидесяти, ученик Павла, родом из Понта, живший в Риме, а затем в Коринфе. Он принял мученическую смерть за проповедь Евангелия.

Именно церковное имя Акила дало жизнь целому ряду фамилий: Акилин, Акилов, Акильев, а также Акелин и Акелов. Форма Акела возникла в живой речи — так называемое «аканье» и упрощение произношения превратили Акилу в Акелу. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Акелин буквально значит «сын Акелы» или «потомок Акелы».

Фамилия встречается в центральных и северных областях России, где имя Акила было в ходу среди крестьян и посадских людей. В документах XVII–XVIII веков можно найти записи об Акелиных среди крестьян Архангельской и Вологодской губерний. В более позднее время фамилия оставалась редкой, не получив широкого распространения.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем, но она не выдерживает критики: имя Акила твёрдо зафиксировано в православных святцах, и именно эта линия объясняет и морфологию, и географию фамилии. Таким образом, Акелины — потомки человека, которого в быту звали Акела, а в церковной записи — Акила, то есть «орёл».