Фамилия Акинин — классический пример русской «патронимической» фамилии, то есть образованной от личного имени предка. В её основе лежит народная, разговорная форма крестильного имени Акинфий (церковная форма — Иоакинф). В обиходе сложное полное имя сократили до простого и удобного Акиня. Именно от этой формы и появилась фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Акинин буквально означает «сын Акини» или «потомок Акини».

Само имя Акинфий (Иоакинф) пришло на Русь из Византии вместе с православием. У него древнегреческие корни: в основе лежит слово Huacinthos, что переводится как «гиацинт». На языке оригинала так называли и одноимённый цветок, и драгоценный камень синего или фиолетового цвета. Поэтому, если говорить о глубинном, смысловом значении, предок, носивший имя Акиня, мог восприниматься как «цветущий» или «драгоценный» — это было красивое, поэтичное именование.

Любопытно, что фамилия Акинин по своей словообразовательной модели встречается реже, чем, скажем, Акинфиев или Акинфов. Суффикс -ин в данном случае «прикрепился» именно к усечённой, обиходной форме имени, что говорит о бытовом, неофициальном круге общения первых носителей. В документах и переписях могли фиксировать и полную форму, но в деревнях и слободах закрепилось простое Акиня.

По фамилии сложно судить о социальном происхождении: она могла принадлежать и крестьянину, и посадскому человеку, и служилому. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России. Встречаются также однокоренные варианты: Акиньшин, Акишев, Окинин — все они, скорее всего, восходят к тем же народным формам имени Акинфий, но с разными диалектными окончаниями.