Основой фамилии Акинин послужило церковное имя Иоакинф. Акиня – народная форма имени Акинфий. Это имя имеет древнегреческое происхождение и образовано от слова Huacinthos — «гиацинт». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Акиня, со временем получил фамилию Акинин.