Основой фамилии Акинина послужило церковное имя Иоакинф. Акиня – народная форма имени Акинфий. Это имя имеет древнегреческое происхождение и образовано от слова Huacinthos — «гиацинт». Скорее всего, основатель рода Акининых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Акиня, со временем получил фамилию Акинина.