Фамилия Акинина образована от народной формы крестильного имени. В основе лежит имя Акиня — обиходный вариант церковного имени Иоакинф. Полное имя Акинфий (от греческого Huacinthos — «гиацинт») в быту сократили до Акини, а затем добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин. Так фамилия буквально означает «чей?» — Акинин, то есть сын или потомок Акини. Скорее всего, основатель рода Акининых был человеком из простого сословия: в крестьянской и мещанской среде такие усечённые формы имён встречались гораздо чаще, чем в дворянской. Интересно, что суффикс -ин в этой фамилии указывает на основу, оканчивающуюся на гласный или мягкий согласный (Акиня), в отличие от фамилий на -ов (Акинфов, Акинфиев), которые строятся от полной формы имени. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Акинина стоит в одном ряду с Акининым, Акиньшиным и более редкой Акиншиной — все они восходят к одному корню, но различаются суффиксальными вариантами народных форм имени Иоакинф.