Фамилия Аксинин — яркий пример «малой» русской фамилии, образованной напрямую от имени предка. Её основа — просторечная форма Аксиня, которая в народе заменяла полное каноническое имя Ксения. В старину буквосочетание «кс» в начале слова было неудобным для произношения, и его часто смягчали, заменяя на «ак». Так Ксения превращалась в Аксенью, Аксинью, а затем и в Аксинью. Уменьшительно-ласкательный вариант Аксиня и лёг в основу фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Аксинин — это буквально «сын Аксини» или «человек из семьи Аксини». Такая модель типична для фамилий, образованных от женских прозвищ или имён, особенно если мать играла ключевую роль в воспитании (например, в случае вдовства) или если имя отца было менее употребительным. В ономастике это явление называют «матримониальными» фамилиями, и Аксинин — один из его образцов.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным областям России, где форма Аксинья была особенно распространена. Встречается она и на Украине, где имя Аксинья (Оксана) также дало начало фамилии Оксинин, но с иной огласовкой. Интересно, что в некоторых говорах фамилию могли записать с двойной «н» — Аксиннин, что усиливало принадлежность, но в современном написании закрепился вариант с одной буквой.

Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане. В переписных книгах XVII–XVIII веков крестьяне с именем Аксинья встречаются нередко, и их потомки получали фамилию по матери. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на отчество, Аксинин выделяется своей связью с женским именем, что делает его более редким и лингвистически любопытным.