Фамилия Аксинин — случай, когда за привычным суффиксом скрывается необычная история. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от мужских имён (Иванов, Петров), эта фамилия прямо указывает на женщину. Основа здесь — просторечная форма Аксиня, народный вариант канонического имени Ксения. В старину буквосочетание «кс» в начале слова было неудобным для произношения, поэтому его смягчали, заменяя на «ак». Так Ксения превращалась в Аксенью, Аксинью, а уменьшительная форма Аксиня и легла в основу фамилии.

Суффикс -ин в данном случае работает по той же модели, что и в фамилиях Марьин, Татьянин: он означает принадлежность. Аксинин — это буквально «сын Аксини» или «человек из семьи Аксини». В ономастике такие фамилии называют матримониальными, и они возникали, когда мать играла ключевую роль в воспитании (например, в случае вдовства) или когда имя отца было менее употребительным, чем имя матери. Для крестьянской среды XVII–XVIII веков, где фамилии часто закреплялись по отцу, Аксинин — заметное исключение.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным областям России, где форма Аксинья была особенно распространена. Встречается она и на Украине, где имя Аксинья (Оксана) дало начало фамилии Оксинин, но с иной огласовкой. В некоторых говорах фамилию могли записать с двойной «н» — Аксиннин, что усиливало значение принадлежности, но в современном написании закрепился вариант с одной буквой.

Сословного барьера у фамилии не было: её носили и крестьяне, и мещане. В переписных книгах крестьяне с именем Аксинья встречаются нередко, и их потомки получали фамилию по матери. Именно эта связь с женским именем делает Аксинина лингвистически более редким и любопытным, чем соседние фамилии на -ов и -ев.