Фамилия Аксиничев образована от народной формы имени Аксинья — так в крестьянской и купеческой среде называли Ксению. Полное греческое имя Ξενία (Ксения) означает «гостеприимная» или «странница», но в живой русской речи оно прижилось в упрощённом виде: через аканье и замену начального «кс» на более привычное «кс» или «кш» получилось Аксинья. Эта форма была гораздо употребительнее церковного канонического варианта, особенно в северных и центральных губерниях.

Модель образования фамилии — патронимическая, но с необычным поворотом. Основа Аксинич- (от Аксинья) плюс суффикс -ев, который в русских фамилиях присоединялся к основам на мягкий согласный или -й. Буквально Аксиничев означает «сын Аксинича», то есть потомок человека, которого в обиходе называли по матери — Аксинич. Такая матримониальная модель, когда отчество образуется от женского имени, встречается редко. Обычно она указывает на особую роль матери в семье: возможно, она была вдовой, единственной кормилицей или уважаемой главой рода. В некоторых случаях это могло быть связано с тем, что имя отца было менее употребительным или утратилось.

Географически фамилия привязана к Новгородской, Вологодской и Костромской губерниям — именно там форма Аксинья была особенно распространена, и отчество от женского имени могло закрепиться за целым родом. В старых писцовых книгах этих земель такие случаи фиксируются, что подтверждает севернорусский и центральнорусский след фамилии.

Любопытная деталь: в фамилии сохранился твёрдый звук [ч] в суффиксе -ичев, что отличает её от более южных вариантов вроде Аксиньин. В некоторых говорах фамилия могла звучать как Оксиничев (от Оксинья — вариант того же имени с другим начальным гласным), но в литературном написании закрепился вариант с «а». Таким образом, носитель фамилии Аксиничев — потомок человека, которого в деревне знали как «Аксинича», то есть сына или внука Аксиньи. Фамилия сразу выдаёт глубокую народную основу, без книжной церковной дистанции.