Фамилия Акинитов — редкий пример, когда основа, казалось бы, очевидна, а происхождение всё равно вызывает споры. Самое простое объяснение: перед нами отчество от имени Акинит, которое могло быть народной формой крестильного имени Аникита (от греческого «непобедимый»). В русском языке имена часто «обкатывались» до неузнаваемости: Аникита превращалось в Акина, Акиню, а затем и в Акинита. Суффикс -ов добавляет значение «сын Акинита», то есть Акинитов — это буквально «принадлежащий к роду Акинита».

Но есть и другая версия, которую поддерживают некоторые ономасты, работавшие с севернорусскими говорами. В архангельских и вологодских диалектах «акинит» — прозвище человека, который любит «акинуть», то есть кинуть, бросить дело или слово на ветер. В переносном смысле — ненадёжный, порывистый человек. Такие прозвища давали не в обиду, а как бытовую характеристику, которая потом закреплялась за потомками. Если фамилия бытовала на Севере, эта версия становится даже правдоподобнее церковной, поскольку имя Аникита в тех краях чаще давало фамилии Аникитины, а не Акинитовы.

Сама модель — основа на -ит- плюс суффикс -ов — нечастая. Обычно фамилии с таким суффиксом образуются от имён на -а (Акинфа → Акинфов, Анисим → Анисимов), а здесь мы видим «Акинит + ов», что говорит о том, что исходное личное имя или прозвище уже имело окончание -ит. Такое встречается у фамилий, образованных от уменьшительных форм с суффиксом -ит, например, от имени Филипп — Филиппитов, или от прозвища Скороспит — Скороспитов.

Географически Акинитовы встречаются разрозненно, но заметный след оставили в Вятской губернии и в Забайкалье. В Сибирь фамилия могла попасть с переселенцами из Поморья, что косвенно подтверждает диалектную версию. В метрических книгах XIX века носители фамилии записаны в основном как государственные крестьяне и мещане — то есть предки не были ни дворянами, ни духовенством, а обычными людьми, получившими фамилию по отцу или по дворовому прозвищу.

Ударение в фамилии плавающее: в разных регионах говорят и Акинитов, и Акинитов. Первый вариант, с ударением на второй слог, ближе к исходному имени Аникита, второй — к прозвищному «акинит».