Фамилия Акишенко — характерный пример восточнославянской модели образования на -енко, которая в XVII–XVIII веках массово закрепилась на территории современной Украины и юга России. Суффикс -енко в этой модели указывает на «малого», «потомка» или «ученика»: Акишенко буквально значит «сын Акиша» или «маленький Акиш». Такие фамилии чаще всего получали дети или младшие родственники человека, носившего прозвище Акиш.

Основа Акиш — это усечённая и смягчённая форма крестильного имени Иоаким (в просторечии Аким). В народной речи имя нередко сокращали, добавляя уменьшительно-ласкательные суффиксы: Акиш, Акиша, Акишка. От них и пошли фамилии Акишин, Акишев, Акишкин и, через украинскую огласовку, Акишенко. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть сыном человека по имени Аким, которого в быту звали Акиш.

Интересная деталь: фамилия Акишенко не единственная в своём ряду. Есть и другие варианты с той же основой, но с разными суффиксами — Акишов, Акишев, Акишин. Разница в окончаниях часто отражает региональные особенности: -ов и -ев типичны для северных и центральных русских земель, -ин — для территорий, где было распространено окончание родительного падежа на -ин, а -енко — для левобережной Украины и южнорусских областей. Поэтому Акишенко — это фамилия с чёткой географической привязкой к югу.

В написании фамилии возможны варианты через букву «о» — Окишенко, что связано с аканьем (произношением безударного «а» как «о») в южнорусских говорах. Однако в современной официальной записи чаще закреплён вариант с «а». Спорных версий происхождения у фамилии нет: все исследователи сходятся на том, что корень — в имени Аким, а суффикс указывает на родство по отцу. Сословная принадлежность первых носителей была, скорее всего, крестьянской или казачьей — именно в этих средах модель на -енко получила наибольшее распространение.