Фамилия Анишенко — характерный пример украинской модели образования на -енко, которая в XVII–XVIII веках активно вытесняла более ранние патронимы на -ович в среде казачества и крестьянства Левобережной Украины. Суффикс -енко буквально означал «маленький» или «сын», поэтому Анишенко — это «сын Аниши». Такой тип фамилий закрепился как наследственное прозвище, указывающее на отца, и стал особенно популярен среди рядового казачества и посполитых крестьян, которые не имели права на дворянские фамильные окончания.

Основа Аниша — это народная, разговорная форма крестильного имени Анисий. В греческом оригинале имя Ἀνίσος (Anisos) означает «неровный» или «неравный», что в переносном смысле могло трактоваться как «неуравновешенный» или «непохожий на других». В украинской и белорусской традиции имя Анисий часто сокращали до Аниш, Анись, отсюда и пошли фамилии Анишенко, Анишин, Аниськов. В русских говорах встречается и вариант Аниша как уменьшительное от женского имени Анисья, но в случае фамилии Анишенко мужское происхождение почти бесспорно: патронимический суффикс -енко не образуется от женских основ, поэтому связь с мужским именем Анисий — единственная логичная версия.

Географическое ядро фамилии — Полтавская, Черниговская, Сумская области, а также пограничные районы Белгородчины и Курщины. В письменных источниках XVII–XVIII веков Анишенки встречаются среди реестров казаков и мещан, но фамилия не принадлежала к старши́нским родам — это скорее фамилия рядового казачества или посполитых крестьян, получивших её при закреплении наследственных прозвищ. В документах того времени фамилию писали через «и» — Анишенко, что подтверждает связь именно с именем Анисий, а не с возможным польским влиянием, где ожидалось бы написание через «е» в корне.

В современной Украине фамилия встречается в двух вариантах ударения — на второй и на третий слог, что говорит о региональных диалектных различиях. Общепринятым считается ударение на «е»: Ани́шенко, хотя в некоторых говорах можно услышать и Анише́нко. Любопытно, что за пределами Украины и южных областей России фамилия почти не встречается, что делает её надёжным маркером происхождения из конкретного региона — бывших земель Гетманщины, где суффикс -енко стал доминирующим способом образования фамилий.