Фамилия Анишины (в мужском роде — Анишин) образована от имени Аниша — одной из просторечных, обиходных форм крестильного имени Иоаникий. Это имя греческого происхождения означает «непобедимый». В русской традиции полные церковные формы нередко сокращали и переделывали на бытовой лад: так из Иоаникия получилось Аниша, а от него — фамилия на -ин, отвечающая на вопрос «чей?»: «сын Аниши».

По словообразовательной модели фамилия Анишин — типичный пример «полуотчества». Суффикс -ин указывает на принадлежность к отцу или главе семьи, а основа — на личное имя. Такие фамилии были широко распространены в северных и центральных губерниях России, особенно в крестьянской и мещанской среде, где редко пользовались полными календарными именами.

Интересно, что имя Иоаникий в народе давало не только форму Аниша, но и другие варианты: Ониша, Аникей, Ника. Поэтому фамилии Анишин, Анишев, Онишин, Аникеев — родственные, но разошлись в написании из-за местных говоров и особенностей произношения. Например, в южнорусских диалектах «аканье» могло закрепить начальное «а», а на севере — «о».

Точное время возникновения фамилии Анишин установить сложно. Как и большинство русских фамилий, она окончательно закрепилась в XVI–XVII веках, когда фамилии на -ин стали массово передаваться по наследству. Однако отдельные упоминания людей с именем Аниша встречаются в документах и раньше, что говорит о давней традиции такого имяупотребления.

В отличие от многих фамилий, образованных от редких или забытых имён, Анишин сохранил прямую связь с живой народной формой. Это делает её не просто фамилией, а отражением того, как в повседневной речи перерабатывались церковные имена, превращаясь в узнаваемые родовые прозвания.