Фамилия Акишина образована от имени Акиша — уменьшительной формы церковного мужского имени Иоаким. В переводе с древнееврейского Иоаким означает «поставленный богом». В православной традиции покровителем этого имени считается Святой Иоаким, муж святой Анны и отец Богородицы, которого также называли богоотцом. Согласно преданию, когда Иоаким пришёл в храм, чтобы принести дары Богу, священник обвинил его в грехе бесчадия и отверг дары.

Модель фамилии проста и прозрачна: к основе Акиш- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Такие фамилии обычно получали в русской среде, отвечая на вопрос «чей?» — то есть сын или дочь Акиши. Поскольку имя Акиша бытовало в простонародной среде, скорее всего, основатель рода Акишиных был человеком из простого сословия. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, что подтверждает народное происхождение фамилии.

Со временем потомки человека по имени Акиша закрепили за собой фамилию Акишина. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, где были распространены уменьшительные формы крестильных имён.