Фамилия Аксенникова — женская форма мужской фамилии Аксенников. Её происхождение напрямую связано с двойным «н» в основе, и это не случайность, а ключ к разгадке. Если бы фамилия произошла просто от имени Аксён, она звучала бы как Аксёнов. Двойное «н» указывает на то, что в цепочке образования была промежуточная ступень — прозвище или слово «аксенник», к которому затем добавили фамильный суффикс -ов.

Само слово «аксенник» восходит к народной форме крестильного имени Авксентий (от греческого «ауксанo» — расти, возрастать). В русских говорах имя Авксентий сокращали до Аксён, а от него образовывали бытовые прозвища: Аксёнка, Аксёня и, наконец, Аксенник. Суффикс -ник в таких фамилиях обычно указывает на принадлежность к чему-либо или занятие. Аксенников — буквально «сын Аксенника», где Аксенник — либо человек, носящий имя Аксён, либо, что встречается реже, тот, кто ухаживает за Аксёном (например, работник или слуга). Фамилия входит в обширный круг отчеств на -ников (Иванников, Петрушников, Ефимников), где основа — уменьшительная или обиходная форма имени.

В ономастике известен и другой вариант: в некоторых регионах «аксенником» могли называть рыбака, использовавшего особую снасть (аксен), но это значение локальное и спорное. Правдоподобнее версия с именем — она объясняет и широкую географию фамилии, и её типичную словообразовательную модель.

Географически фамилия Аксенников (и Аксенникова) встречается в центральных областях России, особенно в бывших Владимирской, Костромской, Ярославской губерниях, а также на Урале, куда она попала с переселенцами. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией, что говорит о её недворянском происхождении. Двойное «н» в написании — признак именно той модели, где суффикс -ник присоединялся к основе, а не просто добавлялся -ов к имени Аксён. Эта деталь отличает фамилию от более распространённой однокоренной Аксёнов и указывает на прозвищную или профессиональную промежуточную форму, которая и стала основой для фамилии.