Фамилия Аксенюшкин — редкий пример того, как полное имя, а не его уменьшительная форма, становится основой для фамилии с двойным уменьшительно-ласкательным суффиксом. В её основе лежит крестильное имя Авксентий (греч. «увеличивающийся», «растущий»), которое в русском быту сократили до Аксён — так же, как Евксентий превращался в Евсей. Но Аксенюшкин пошёл не от этого короткого варианта, а от полного: к основе «Аксен» добавили суффикс -юшк- (обычно указывающий на ласкательное обращение, как в «дедушка» или «Ванюшка»), а затем фамильный -ин. Получилось буквально «сын маленького Аксёна» или «сын того, кого звали Аксенюшка».

Модель образования здесь нестандартная. Большинство русских фамилий на -ин образованы от основ на -а/-я (Гришин, Ильин), но Аксенюшкин использует суффикс -юшк-, который характерен скорее для прозвищ и неофициальных имён, а не для официального имянаречения. Это говорит о том, что фамилия возникла в среде, где человека звали по домашнему, внутрисемейному прозвищу — Аксенюшка, и это прозвище закрепилось за его потомками. Такие фамилии редко встречаются в дворянской среде и почти всегда указывают на крестьянское или мещанское происхождение.

Географически фамилия тяготеет к северо-западным и центральным областям России, особенно к бывшим Новгородской и Псковской губерниям, где была распространена форма Авксентий и её производные. Встречается она нечасто: по данным переписей XX века, носителей Аксенюшкиных насчитывается не более нескольких сотен, что делает фамилию локальной и редкой.

Спорных версий происхождения здесь почти нет. Единственная альтернатива — связь с украинским или белорусским именем Аксён (от греческого «аксиос» — «достойный»), но тогда фамилия скорее имела бы суффикс -енко или -ук. Русский суффикс -ин и двойной ласкательный элемент однозначно указывают на великорусскую ономастическую традицию. Короткая и ясная история: предок носителя фамилии был человеком по имени Авксентий, которого в быту ласково называли Аксенюшка.