Фамилия Аксенин — классический патроним, то есть образована от имени предка. В основе лежит народная форма канонического имени Авксентий (от греческого «ауксано» — «расти», «возрастать») — Аксён. Фамилия отвечает на вопрос «чей сын?»: сын Аксёна. В русском языке притяжательный суффикс -ин закрепился за основами на -а/-я, поэтому получилось Аксенин, а не Аксёнов. Значение: «принадлежащий Аксёну», «из рода Аксёна».

Модель образования проста: усечённая форма имени плюс суффикс -ин. Но здесь скрыта географическая подсказка. Фамилии на -ов (Аксёнов) типичны для центра и востока России. Вариант Аксенин встречается реже и может указывать на северное или северо-западное происхождение рода. В новгородских и псковских землях, а также в некоторых областях Поволжья фамилии на -ин от имён на согласную — не редкость, хотя литературная норма тяготеет к форме Аксёнов.

Ударение, скорее всего, падает на второй слог (Аксéнин), что соответствует ударению в исходном имени Аксён. В разговорной речи и в разных регионах возможны колебания, особенно если фамилия давно оторвалась от имени-основы и воспринимается как самостоятельное слово.

Отдельная линия — возможная связь с прозвищем. Теоретически «Аксёна» могли прозвать человека, который постоянно твердил «а, к сене» (к сену, к сенокосу), но это выглядит натяжкой. Основная и единственно убедительная версия — через имя. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) форма Аксенин рассматривается как закономерный вариант от Аксён, без дополнительных оговорок.

Социальный состав носителей был пёстрым. В дореволюционной России Аксенины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в купеческой среде. Фамилия не даёт прямых указаний на сословие, но её «простонародное» звучание — от разговорной, а не церковной формы имени — говорит о том, что предки, скорее всего, были не из высшей аристократии, а из среды, где имя Авксентий переделали на свой лад.