Фамилия Аксений — редкий случай, когда перед нами не привычная модель с суффиксом, а застывшая форма имени. В основе лежит крестильное имя Аксений, которое в православных святцах встречается как вариант имени Авксентий. Последнее восходит к греческому auxano — «возрастать», «умножать». Так что исходное значение имени — «растущий», «приумножающийся». Фамилия, по сути, — это и есть само имя, перешедшее в разряд родовых прозваний без каких-либо добавлений.

Такая модель образования — прямое наследование имени без патронимических суффиксов (-ов, -ин, -ский) — встречается в основном в украинской, белорусской и южнорусской среде. В центральных и северных великорусских говорах предпочтение отдавали формам вроде Аксенов или Авксентьев. Поэтому фамилия Аксений с большой вероятностью указывает на западнорусские или малороссийские корни рода. В документах XVII–XVIII веков, особенно в реестрах Запорожского войска и переписях Слобожанщины, можно встретить фиксацию казаков и крестьян просто по имени — без отчества в современном понимании, что и давало такие фамилии.

Сложность в том, что фамилия могла закрепиться и от имени Аксён — народной, разговорной формы того же Авксентия. В таком случае Аксений — это не исходное полное имя, а его сокращённый вариант (как Аксён, но с окончанием -ий). Разница принципиальна только для этимолога: для носителя фамилии оба пути ведут к одному корню.

Географически фамилия редкая, в современных списках встречается точечно. Её носители сегодня рассеяны по России, Украине и Беларуси, но без выраженного «гнезда». Это типичная история для фамилии, которая не прошла через массовую унификацию в XIX веке и сохранилась в отдельных родах.