Фамилия Аксиньина — это типичная «матронимическая» фамилия, то есть образованная не от имени отца, а от имени матери. В русской традиции такие фамилии давали, если женщина играла ключевую роль в семье (например, после смерти мужа) или если ребенок был внебрачным. Основа здесь — женское имя Аксинья, народная форма церковного имени Ксения.

Словообразовательная модель проста: к основе Аксинь- добавляется типичный русский суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — «Аксиньин сын», «из дома Аксиньи». Суффикс -ин в русских фамилиях так же распространен, как и -ов/-ев, но чаще присоединяется к основам на -а/-я.

Само имя Ксения (и его форма Аксинья) восходит к греческому «ксенос» — «гость, чужеземец». В православной традиции известны четыре святых с этим именем, самая почитаемая из которых — блаженная Ксения Петербургская. Согласно житию, она родилась между 1719 и 1730 годами и после смерти мужа приняла подвиг юродства. За терпение и смирение, как считается, Господь даровал ей прозорливость — она предсказала кончину императрицы Елизаветы Петровны и императора Иоанна Антоновича.

В отличие от фамилий, образованных от мужских имен (Иванов, Петров), фамилия Аксиньина прямо указывает на женское имя в основе. Это делает её сравнительно редкой: в дореволюционной России матронимические фамилии составляли не более 5% от общего числа. Точное время и место возникновения конкретного рода Аксиньиных можно установить только через генеалогические разыскания — фамилия могла закрепиться в разных регионах независимо друг от друга.