Фамилия Акулина происходит от мирского имени или прозвища Акула, которое, в свою очередь, восходит к редкому старинному крестильному имени Акила. В переводе с латыни «aquila» означает «орёл». Именно эту версию ономасты считают основной: народная форма Акула вытеснила церковное Акила, и от неё через типичный русский суффикс принадлежности -ин образовали фамилию Акулина. Суффикс -ин указывал на прямую связь с отцом: Акулина — буквально «чей?» — сын или дочь Акулы.

Менее распространённое объяснение связывает фамилию с женским вариантом того же имени — Акилина, в народном произношении Акулина. Однако в этом случае фамилия Акулина образована напрямую от женского имени, что для русской патронимической модели редкость: обычно такие фамилии давали по матери (внебрачным детям или в семьях, где женщина вела хозяйство). Поэтому эта версия уступает первой по правдоподобию.

Наименее убедительна гипотеза о тюркском корне: имя Окул («умный, разумный») могло бы дать фамилию Акулов, но не Акулина. Разница в суффиксе и звучании делает эту версию натянутой, и серьёзные исследователи (например, словарь Б. Унбегауна) её не поддерживают.

Интересная деталь: фамилия Акулина могла принадлежать не только крестьянам, но и людям духовного сословия. В среде священников нередко давали «говорящие» фамилии по именам святых — Акила был апостолом от семидесяти. Так что предок-священнослужитель мог получить фамилию Акулина прямо по церковному календарю, без промежуточного прозвища.

Сегодня фамилия Акулина встречается редко, в основном на юге России и в Поволжье. Её можно спутать с женским именем Акулина, но на деле это полноценная родовая фамилия, которая отвечает на вопрос «чей?» — то есть потомок того самого Акулы-орла.