Фамилия Акулинин образована от крестильного женского имени Акулина. Это имя имеет древнеримское происхождение и переводится на русский язык как «орлица». На Русь оно пришло с христианством из Византии. Сначала имя бытовало в основном среди служительниц церкви, но со временем его стали давать и простым жителям. Покровительницей имени считается святая мученица Акилина Младшая. По преданию, она убежала из дома с любимым вопреки запрету отца, за что была заточена в холодную башню. Перенесённые страдания стали основанием для её канонизации. Потомок человека по имени Акулина со временем получал фамилию Акулинин.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. Такие фамилии обычно означали «сын (или потомок) Акулины». В русской традиции фамилии на -ин образовывались от основ на -а/-я, поэтому форма Акулинин закономерна. Это не единичный случай: к этому же гнезду относятся фамилии Акулин, Акуличев, Акульшин — все они восходят к разным производным формам того же имени. Акулинин среди них — одна из наиболее полных, сохранивших исходную основу без усечения. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных регионах России, где имя Акулина было особенно популярно в крестьянской среде вплоть до XIX века.