Фамилия Акулинушкины — редкий пример, где суффикс -ин соединился с уменьшительно-ласкательной формой имени, а конечное -ы указывает на семейное прозвание. В основе лежит имя Акулинушка, которое само по себе производное, и здесь кроется главная загадка: мужское или женское имя дало начало фамилии.

По самой правдоподобной версии, Акулинушка — народная, ласковая форма церковного имени Акила. В переводе с латинского aquila означает «орёл». Имя это было редким, но встречалось в святцах. От него в русской традиции образовались просторечные варианты: Акул, Акула, а затем и Акулинушка. Если следовать этой версии, фамилия Акулинушкин буквально означает «потомок Акулинушки» — человека, которого в быту называли уменьшительным именем от Акилы.

Согласно второй версии, в основе лежит женское имя Акилина (в народном произношении — Акулина). Уменьшительное Акулинушка в таком случае относилось к женщине, а фамилию получил её сын или муж. Эта версия слабее: для русских фамилий на -ин типично происхождение от мужского имени или прозвища, а «материнские» фамилии (матринимы) встречаются гораздо реже и обычно имеют особые суффиксы.

Форма Акулинушкины (с окончанием -ы) указывает, что фамилия закрепилась во множественном числе, как обозначение целого рода или семьи. Такая модель характерна для северных и некоторых центральных регионов России. О точном месте возникновения фамилии судить трудно: процесс её формирования мог занять не одно поколение, а письменные источники по таким редким фамилиям скудны. Ясно одно: перед нами не просто фамилия, а живое свидетельство того, как редкое церковное имя обрастало домашними, ласковыми формами и в итоге дало название целому роду.