Фамилия Акулишнина — редкий случай, когда женская форма прочно закрепилась в документах, а мужской вариант (Акулишнин) встречается реже. Основа фамилии — имя Акулишна, которое в русской народной традиции было разговорной формой крестильного женского имени Акилина (от латинского aquilinus — «орлиный»). Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Акули́шнина.

Суффикс -ин в фамилиях на -ин/-ын указывает на принадлежность: Акулишнин буквально значит «чей?» — сын или потомок Акулишны. Однако здесь есть важная деталь: в отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от мужских имён (Иван → Иванов, Пётр → Петров), Акулишнин произведён от женского имени. Это указывает на то, что родоначальником фамилии могла быть женщина — вдова, мать-одиночка или женщина, чей муж не оставил по себе памяти в документах. В северных и центральных губерниях России (особенно в Вологодской, Архангельской, Костромской) такие случаи фиксировались: если в семье главой числилась женщина, детей записывали по её имени.

Форма Акулишна — это не просто уменьшительное, а уважительное обиходное обращение, характерное для простонародной речи XVIII–XIX веков. Исходное церковное имя Акилина в быту превращалось в Акулина, Акулинья, а от него — в Акулишна (по аналогии с Марфа → Марфушна, Дарья → Дарьюшна). Суффикс -шн- здесь не случаен: он типичен для севернорусских говоров, где женские отчества и прозвища часто оканчивались на -шна (например, Иванишна, Петровна в диалектном произношении — Петровшна). Таким образом, фамилия Акулишнина имеет двойную региональную привязку: к Русскому Северу и к женской линии наследования.

Встречаемость фамилии невысока. По данным современных поисковых систем, большинство носительниц живут в Кировской области, Пермском крае и на Урале — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись выходцы с Севера. Мужская форма Акулишнин почти не фиксируется в официальных переписях, что делает эту фамилию преимущественно женской по происхождению. Споров о корне здесь нет: все версии сходятся к имени Акилина, и альтернативные объяснения (например, от названия рыбы акула) лингвистически несостоятельны — ударение и суффикс однозначно указывают на личное имя.