Фамилия Аладжиков — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. Причина в корне «аладж-», который отсутствует в древнерусском и церковнославянском языках. Наиболее вероятное объяснение лежит в тюркских языках, где «аладжа» (alaca) означает «пёстрый», «разноцветный», «пёстрая ткань». В турецком и крымскотатарском это слово широко употреблялось: так называли полосатые или клетчатые ткани, а также пёстрых животных — например, лошадей или собак.

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -ов, который в русском языке образует притяжательные фамилии от прозвищ или имён. То есть Аладжиков — это «сын Аладжика» или «потомок того, кого звали Аладжик». Само прозвище Аладжик могло возникнуть в среде, где было сильное тюркское влияние: среди казаков, служилых людей южных рубежей, купцов, торговавших с Крымом и Турцией, или среди народов Поволжья.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с греческим словом «αλάτζι» (alatzi) — так называли особый сорт шёлка. В таком случае Аладжиков — русифицированная форма греческой фамилии Аладжис или Аладжидис, которую мог получить переселенец из греческих колоний Причерноморья. Однако для русского уха окончание «-ов» естественнее, чем «-ис», поэтому греческое происхождение менее вероятно: фамилию бы оставили в исходной форме, а не переделывали.

Географически фамилия встречается в основном в Краснодарском крае, Ростовской области и на юге Украины — именно в тех регионах, где веками жили носители тюркских языков (крымские татары, ногайцы) и греки. Встречаемость крайне низкая: по открытым данным, в России — не более нескольких десятков человек. Это говорит о том, что фамилия не разошлась широко, а осталась локальной, возможно, в рамках одного рода.

С точки зрения социальной истории, предки Аладжиковых могли быть ремесленниками, торговавшими пёстрыми тканями, или людьми, получившими прозвище за пёструю одежду. В тюркской среде такое прозвище давали и за внешность — человеку с веснушками, рябому или с разноцветными глазами. Учитывая, что фамилия образована с уменьшительным суффиксом «-ик», прозвище Аладжик могло быть ласкательным или ироничным, а не официальным.